Собор несколько раз перестраивался и пережил времена полного запустения и частичного разрушения, когда, наконец, в середине XVI века взялись за полное восстановление и реставрацию, которая была закончена в начале XVII века. Не претерпел существенных изменений только фасад, который восстановили снаружи при помощи легкого ремонта. По преданиям, до реконструкции, в стенах собора был похоронен великий путешественник Марко Поло, но саркофаг с его телом был безвозвратно утерян.Не везло собору и в период наполеоновских войн. На него нападали, грабили и рушили. В 1810 году был полностью разграблен богатейший фонд собора, который составлялся веками из добровольных пожертвований и подарков величайших живописцев и скульпторов. В середине XIX века собор был передан в ведение братства доминиканцев и подчинен имущественно городским властям. Во время Первой мировой войны собор был опять сильно поврежден и восстановлен только в середине XX века. Монастырские постройки превратили в больничные корпуса, позже возвращенные в церковное ведение. Внутри собор — это огромное пространство, единство организации которому придает большая перегородка, выполненная из декоративного металла. В одной половине размещались прихожане, в другой было место для сестер. Оба придела храма имели свой орган. Сестринство начало организовываться еще в XVIII веке, когда хитрая дворянская знать рассудила, что если в семье несколько дочерей, то только одной под силу обладать хорошим приданным, поэтому всеми правдами и неправдами, остальных дочерей отдавали на попечение в монастырь, где чаще всего они оставались навсегда. До недавнего времени помещения собора были закрыты. Шла очередная, одна из бесчисленных, реставрация. Наконец, реставрацию закончили и открыли доступ посетителям. То, что предстало взору, ошеломило. Огромные внутренние помещения, полы в большей части из которых, разрыты на несколько метров в глубину. Как будто археологические раскопки не закончены. Перед входом работают выставки этнографической направленности, а внутри, пока, все работы приостановлены. Об интерьере и его изменении можно будет судить только по окончании работ.
