По письменным рукописным источникам известно, что приказ на постройку был отдан тогдашним грузинским царем Дачи. Через некоторое время церковь получила свое теперешнее наименование Анчисхати, которое восходит к мутной истории похищения древних грузинских икон и хранения их в турецком городе Анчи. Название так и переводится «икона из Анчи».Икона, послужившая прообразом для названия храма, сейчас находится в Грузии, в Тбилисском музее искусств. В архитектурном плане, церковь представляет из себя базилику, что подтверждают ее раннее христианское происхождение и время строительства. Как и многое другое на территории Грузии, базилику на протяжении веков и захватнических войн то разрушали, то восстанавливали. Самая значительная реконструкция произошла на протяжении 15-17 веков, как раз в то время, когда Грузия вела войны: сначала с персами, потом с турками. Известна точная дата постройки двухъярусной колокольни, носящей отпечаток персидского влияния — 1675 год. Именно в этот год церковь приобрела устоявшиеся архитектурные формы. Но в конце 19 века церковь опять изменили, добавив еще один свод. В советский период базилику переиначили в музей, а потом вообще в художественную мастерскую. С 1989 года базилика Анчисхати снова стала действующим храмом. В промежутках между бегло очерченной историей церковь играла важнейшую роль в объединении и борьбе за государственность. Она была хранительницей самой старинной иконы на грузинской земле, для которой в 12 веке мастером Опизари был сделан знаменитый серебряный оклад с золотыми фрагментами. Икону хранили в церкви как зеницу ока, в течение многих столетий, как оберег и символ грузинского государства. Защищали ее и во время османского нашествия, отличавшегося, как известно, небывалой нетерпимостью к иноверцам и попыткам ассимиляции грузин. Также она пережила и арабские нападки, тоже не совсем нейтрально относившиеся к чужой культуре и татаро-монголькое ханство, которое больше интересовала не религия и культура, а серебряный оклад и золотые фрагменты в нем. Теперь икона хранится в государственном хранилище, а хор певчих храма Анчисхати, известный всему миру неповторимым исполнением древнейших грузинских церковных песнопений, прославляет чудесное спасение.
