Оковы Святого Петра хранятся в церкви у центрального алтаря в бронзовой урне, имеющей прозрачные стенки, так что все желающие могут их лицезреть. Эти цепи относятся к числу христианских реликвий. На протяжении своего существования церковь неоднократно перестраивалась. Тот вид, который мы можем наблюдать сейчас, церковь получила в 1475 году, после последней реконструкции фасада. Главная ценность церкви — скульптура Моисея, созданная гением Микеланджело. На голове Моисея можно увидеть «рожки», символизирующие свет, исходящий лучами от головы пророка. Есть мнение, что скульптура стала своего рода физическим и духовным портретом самого папы Юлия Второго. У Микеланджело было много удивительных и уникальных проектов. В начале XVI века папа Юлий II поручил Микеланджело создать проект мавзолея, достойный античного Рима, который в последствие стал бы усыпальницей папы. Скульптор разработал масштабный проект, который предполагал более чем сорок статуй. Микеланджело собственноручно выбирал мрамор в каменоломнях Каррары на протяжении восьми месяцев, но когда вернулся в Рим, узнал, что папа передумал и решил, что его могила будет располагаться в соборе Святого Петра. Всего Микеланджело создал шесть проектов гробницы, и окончательный вариант считается очень далеким от первоначального замысла. Тем не менее, задуманный скульптором монумент все-таки нашел свое место в церкви, хотя и считается достаточно холодным и пустым. Правда, только статуи Лии и Рахили были созданы гением, остальную часть работы проделали его ученики. Забальзамированное тело папы Юлия II все-таки было упокоено в Сан-Пьетро-ин-Винколи. Слева от входа в церковь похоронен скульптор, ювелир, художник и резчик Антонио Поллайола. Этот архитектурный памятник относится к числу титулярных церквей, кардиналом-священником которой является американец Дональд Уильям Вюрл.