Для многих является странным наличие музея в стенах монастыря, но согласно местной легенде, главный морской исследователь Португалии — Васко да Гама, молился здесь перед походом в сторону Индии. Основателем музея является король Луиш, он имел личную заинтересованность в морской истории страны и стремился сохранить свое наследие. К сожалению, оригинальная коллекция, состоявшая из многих исторических моделей кораблей XVI и XVII веков, не сохранилась до наших дней. В 1916 году случился пожар, вследствие которого все экспонаты были уничтожены. Возродился музей только в 1948 году, благодаря Энрике де Сейшас. В своем посмертном завещании, он распорядился передать всю свою внушительную коллекцию музею. Сейчас посещая музей можно увидеть большую коллекцию, которая в большей мере, посвящена эпохе географических открытий. Времени, когда португальские судна бороздили просторы океанов и морей, открывая новые земли. Она состоит из масштабных моделей различных кораблей, оружия, глобусов, военно-морских картин, обмундирования мореплавателей и многих других инструментов и элементов.Самой масштабной моделью выставки считается флагман Сан-Габриэль знаменитого Васко да Гама, на котором он совершил впервые успешное плаванье по открытию пути в Индию, обогнув Африку. А самой старинной — статуэтка Архангела Рафаила, которая присутствовала в этой экспедиции.Также стоит отметить вниманием, церемониальные баржи, одна из которых была построена для королевы Марии I. Баржа, была укомплектована восьмидесятью гребцами, украшена рельефными скульптурами и позолоченным орнаментом. На ней еще долгое время перевозили знатных пассажиров.Привлекает посетителей королевская кабина, взятая с яхты королевы Амелии, в которой полностью воссозданы королевские покои. Заслуживает внимание комната, с представленным в ней фарфоровым корабликом и старинный глобус, изготовленный известным мастером Уильямом Джанзом Блауном.
