На монастырской территории бывший император построил для себя апартаменты. Что на японском языке значит омуро. Поэтому данное строение стало называться дворец Омуро. С этого момента пошел обычай, по которому настоятелями монастыря становились мужчины из царского рода и имели титул принц-монах. От начала своего основания и по 1869 год Нинна-дзи постоянно принимал сыновей императоров, которые становились монахами, а потом настоятелями. Они достаточно длительное время управляли храмом.В период десятилетней войны XV века, которая называлась Онин, комплекс был полностью разрушен. Его восстановлением занялись в XVII веке. В этот период была построена пагода в пять ярусов и насажен вишневый сад.Все сооружения разделены на несколько частей стенами. Павильоны из дерева, которые соединены галереями, находятся на юго-западе. Здесь хранятся храмовые сокровища и другие ценности. Рядом расположен пруд. Если зайти через Центральные ворота с северной стороны, то можно увидеть главный зал, который называется Кондо, пагоду на 5 ярусов и другие строения. Через территорию комплекса проходит дорога. Она соединяет Центральные ворота и Ворота 2-х Императоров.В настоящее время в Нинна-дзи размещены различные произведения искусства и прекрасные картины. В залах монастыря установлены скульптуры двух божеств, которые имеют значительную ценность — это статуи Тамона и Дзоте. Они являются покровителями буддизма. Здесь же можно увидеть шелковые полотна с изображением бога Кудзяку, которое считается национальным достоянием страны и принца Сетоку. Хранятся и другие культурные ценности.Одним из наиболее красивых в Японии считается сад и пруд, которые находятся на территории храмового комплекса. С 1994 года в монастыре Нинна-дзи имеются следующие ценные строения: такие храмы, как Золотой и Каннон, а также Храм основателя, Ворота Средние и Нио, две беседки — Чайная летучих волн и дальней ограды. Здесь же можно увидеть гробницу Императора Уда.С 1994 года данный комплекс является частью Всемирного наследия ЮНЕСКО.
