Его история начинается в 1552 году, после взятия Казани Иваном Грозным. Место для первой постройки было выбрано не случайно, рядом захоронены около 50 тысяч павших воинов. Основной задачей его, ставшего первым русским мужским монастырем в Казани и ее землях, было вечное поминовение погибших. Другие источники связывают появление построек с захоронением Иоанна Казанского — первого святого мученика Христова в земле Казанской. Из-за разливов рек стены монастыря разрушались, и было принято решение перенести его на Змеиную гору, где он находится и поныне. Смена расположения добавила с 1559 года в название слово Зилантов, что символизирует огнедышащего дракона Зиланта — покровителя Казани. На месте действительного захоронения стоит Памятник русским воинам — это храм в виде усеченной пирамиды. Построен он по ходатайству настоятеля Амвросия Сретенского императору в 1813 году, вместо часовни. За 400 лет существования монастырскую крепость практически разрушили, но с 1998 года начаты восстановительные работы, и в настоящее время почти все постройки отстроены в первозданном виде, вплоть до росписи, по сохранившимся чертежам и фотографиям.Например, Троицкий собор перестраивался 2 раза, но первоначальная идея Ивана Грозного сделать его точной копией Троицкого собора святой Лавры осталась неизменной. Единственное, его переименовали, ранее был он Успенским. А вот Всехсвятская церковь при перестройке всегда обновлялась, сохранили только фундамент и элементы наличников. Их единый ансамбль белого цвета с синими и золотыми куполами гармонично дополняют Сестринский корпус с церковью св. мучеников Адриана и Наталии, церковь св. Равноапостольного князя Владимира, две колокольни — Малая и Надвратная с церковью Михаила Архангела. Монастырь использовался не по назначению довольно длительное время. В его строениях располагались: Казанская духовная семинария, Новокрещенская школа, коммунальное жилье, детская колония, склады МВД.Сейчас при монастыре работают Дом паломника, воскресная школа, библиотека, трапезная. В церковной лавке можно приобрести экземпляр редкой иконы Богородицы с копьем. Отстроенный заново, теперь уже женский монастырь, остается местом, где можно насладиться красотой соборов и церквей, вернуть душе потерянный покой и умиротворенность.