Строительство церкви было предложено членами Русской Духовной Миссии, а именно архимандритом Антонином. Он нашел землю под постройку храма и вскоре, в 1882 году, она была куплена. К возведению данной святой обители был привлечен известнейший архитектор Гримм, который сделал проект здания и благодаря усилиям патриархата, его фундамент был заложен уже в 1885 году. Финансировало все строительство Императорское православное палестинское общество, которое наняло израильских архитекторов Шика и Георгия Франгия. Согласно задумке архимандрита и по настоянию царской семьи, данная церковь строилась в честь императрицы Марии Александровны, чьей святой покровительницей как раз являлась Мария Магдалина. Так как финансирование постройки храма было хорошим, то уже к 1888 году состоялось его открытие в присутствии высокопоставленных лиц, одним из которых была княгиня Елизавета Федоровна, принявшая решение принять православие в стенах церкви. В 1921 году, после Октябрьской революции, как раз сюда и было доставлено ее тело вместе с останками келейницы. К их мощам до сих пор приходит много посетителей, которые воздают честь этим героическим женщинам. В 1934 году митрополит Анастасий благословил основание в стенах церкви женской православной общины, которая только в 1988 году получило статус монастыря. Даже сейчас этот храм поражает души верующих своим величием и красотой. Он построен в традиционном московском или новорусском стиле с обязательными куполами и шатровой колокольней. Для отделки церковного пола, а также иконостаса использовался специальный бело-серый мрамор с окантовкой из бронзы. Здесь можно увидеть иконы великих русских художников — Иванова, Сорокина, Верещагина и других. Однако главное, что привлекает в церковь св. Марии Магдалины всех паломников, являются ее святыни. К ним относятся и известная икона, изображавшая матерь Божию с младенцем на руках, прославившаяся в Ливане в начале XV века, и частица мощей св. Марии Магдалины с именной иконой, и изображение преподобных старцев Оптинских с ковчегом, в котором лежат их останки, и также мощи княгини Елизаветы с ее келейницей. Также на территории храма располагается часовня, открытая в честь апостолов Иисуса Христа, которые находились в саду Гефсимании накануне его ареста.
